Hace mucho tiempo los Ninjas eran conocidos como técnicos que solo entrenaban para espiar y asesinar. Si un Ninja hubiera escuchado esta definición, se habría enfadado y habría contestado de una manera muy fuerte. Prevalecía esta definición llena de prejuicios ya que tenia que ver con el origen popular del Ninja, concebido como guerrero samurai que ha sido derrotado en la guerra. El carácter Nin en japonés se compone de los elementos Chinos de "espada"(en la parte superior) y corazón, en la parte superior, esto se refiere a que el Ninja, conseguía sus objetivos con la sangre fría proveniente de un largo y arduo entrenamiento. De todas maneras el Ninja descrito en el párrafo precedente era clasificado como un subordinado del clan. Él autentico Ninja era un hombre de corazón compasivo, que respetaba y amaba la paz. El Nin de Ninja se refiere a prestar atención y cuidar nuestro propio cuerpo, mente y conocimientos. Lo que significa también esencialmente prestar atención a todos nuestros sentidos y a nuestra intuición.

La ropa del Ninja recibió el nombre de ninniku Yoroi, ninniku es otra forma de llamar al monje budista. El espíritu del Ninja es la esencia del ninniku seishin, el abandono de la amargura que resulta de los insultos, la ira y la envidia. El Nin no se coloca sobre el corazón de manera amenazadora sino mas bien con afecto, como el Kajo Waraku (florecer la naturaleza ) que tiene amor como una flor y que disfruta de la paz. Pero no perseveraban solamente porque quisieran salvar sus propias vidas, mas aun soportaban la vergüenza y los embates de sus perdidas (batallas perdidas) y sobrevivían para ver el destino de sus señores y proteger sus propias naciones. En consecuencia desarrollaban su propia filosofía Bugei (guerra) El Ninja aparece a menudo como la persona menos cualificada en cualquier campo, así se retrata muchas veces en las películas y en los libros. Se asumía que el Ninja era pobre, de baja clase y era antisocial. También mucha fue la confusión asumiendo que ellos eran personas que nunca se preocupaban por la posibilidad de la muerte en su buesqueda de un camino mejor. El Ninja no era una persona tan terrible como se cree. Los Ninjas eran gente sorprendente y de buen corazón que intentaban perseverar incluso en las peores y más dolorosas circunstancias. 

Es tradición remontar el origen del Ninjutsu a unos 2000 años, pero es preciso reconocer que se desarrollo en realidad durante el periodo Heian (794-1185) para conocer su edad de oro durante el periodo Kamakura (1192- 1333). El Ninjutsu reagrupaba diferentes Ryus (escuelas) teniendo en cuenta que se llegaron a formar mas de setenta, que se iban transmitiendo de generación en generación en forma oral y escrita, a medida que no se podían trasmitir estos conocimientos por diversos motivos, estas fueron desapareciendo, actualmente Hastsumi Sensei es el heredero de nueve de ellas las cuales conforman la Bujinkan. Los Shinobis (Ninjas) lograban grandísimas proezas, y esto fue posible gracias a un severo entrenamiento tanto físico como psicológico, porque el bushido, código del honor samurai, era también incluido en la educación del joven ninja.

En el antiguo país Nipón el Budismo era la religión nacional y los templos sagrados eran protegidos por una casta de hombres armados. Estos guardianes llamados Osonokama, estaban constituidos por Laicos y Sacerdotes. Estos últimos llamados Yamabushi, formaron mas tarde poderosas organizaciones, actuando clandestinamente en la seguridad que las montañas les ofrecían. Los Yamabushi, reputados por sus facultades psíquicas, eran poseedores de una ciencia esotérica, transmitida de maestro a discípulo en los templos de la organización. Estas ordenes parecen que evolucionaron a partir de unos grupos de ascetas ermitaños, que seguían el sendero de la soledad a fin de adquirir poderes supranormales. El sendero del Shugendo, la vía de los poderes. Como veremos, es una especie de síntesis de las técnicas dominadas por algunos individuos sobre la realización de si mismos.

Estas técnicas llevan la influencia de la secta Tendai, del maestro Saicho y de la secta Shingon, del Maestro Kukai, siendo ambos grandes maestros e iniciados. Estos son pues los Yamabushi, es decir, aquellos que viviendo en las montañas les enseñaron Shugendo a los Ninjas.  

Teniendo en cuenta el estrecho lazo que los unían con los monjes guerreros y poseyendo también, gran influencia por los conocimientos esotéricos, Mikkyo y Shugendo capacitaban de esta manera de un total dominio sobre su cuerpo, mente y espíritu. Aunque el Ninjutsu poseía relación con el sintoísmo no estaba totalmente inmerso en una religión, sino que más bien era creyente de un genero singular. Estaba fuertemente polarizado en su naturaleza física y emocional, de donde el sacaba sus facultades de instinto, voluntad y percepción de peligro. También entrenaron profundamente la destreza y el dominio de los mudras con sus respectivos mantras, llegándose a conocer mas de ochenta forma de imponer sus manos, aunque los mas utilizados por el ninja fueron solamente nueve (kuji). 

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